農藥應用組主要工作為探討農藥在田間合理有效的使用規範，研究殺蟲劑與殺菌劑之毒性、藥理及藥效，改進防疫技術以擬定作物整合性病蟲害防治策略，期能減少農藥使用量，降低農業生產成本。近年來已完成之試驗成果包括：葡萄及檬果之綜合防治曆、殺菌劑對疫病菌、炭疽病菌、灰黴病菌、露菌病菌及貯藏病害等之毒效試驗等基本資料、十字花科蔬菜害蟲之綜合防治技術、茄子南黃薊馬之取樣技術、果實蠅與重要夜蛾類害蟲之監測與預測技術，及主要檢疫病蟲害之鑑定技術與藥劑測試。未來的研究與工作重點為：
（一）殺蟲劑及殺菌劑對關鍵病蟲害的毒性、藥效之測試及基本資料庫之建立。
（二）整合各種防治資材及技術成為病蟲害綜合防治系統。
（三）參與全國性病蟲害監測網，成為全國疫情通報系統負責資料及分析彙整工作之疫情資料中心。
