公害防治組之工作目標在探討公害污染、農藥不當使用及有害植物對農業之為害，並積極謀求改善及解決之方法，以保障作物生產及維護農業環境品質。設置有完善之溫室、生長箱、開頂式燻蒸箱、精密之分析及監測儀器，可支援現行及相關任務導向須完成之研究。公害方面已展開工業區廢水監測，氟化物空氣污染對農作物及農業環境影響，低濃度臭氧及二氧化硫之慢性為害等研究。農藥藥害及殺草劑生理研究涵蓋藥害測定，農作物受害鑑定，殺草劑選擇性及雜草抗藥性等研究。雜草及有害植物研究以進口農產品雜草檢疫，農地雜草調查，有害植物之防治及管理為重點。本系並對外提供如下領域之服務：研究用雜草種源供應，雜草管理及防治之指導，雜草、藥害及污染為害之鑑定，農藥藥害及殺草劑之委託測試。
有害植物及綜合管理研究 
