應用毒理組之主要工作，為研究開發藥毒物、生物技術產物、保健農產食品等，對動物毒性及功能性測試技術或實驗動物模式，並探討動物毒理機制，以據以評估各種藥毒物產品對人體潛在的危險性或功能性；另外負責鼠害防除技術之研究工作。其目的在配合政府農藥管理之需求，技術支援植物保護工作，以確保農藥安全與有效使用，維護人體健康及生態環境之安全。另外協助廠商產品登記上市所需毒理資料之製備，以促進各項產業發展。
目前已建置無特定病原（SPF）實驗動物飼育房與動物健康監測體系及相關標準操作手冊，以支援各項動物毒理試驗。同時研發實驗動物大體解剖、組織病理檢驗與判讀技術、光學及電子顯微鏡觀察與拍攝、毒物或病原傷害標的器官研判等技術平台，以作為中毒或致病之證據。又陸續建立的化學農藥及生物農藥毒性測試技術方法，包括：急性毒性七項測試方法、28天與90天亞慢性毒性測試方法、致畸胎及生殖毒性測試方法、基因/非基因毒性或致癌性快速篩檢評估體系、微生物農藥急毒性/致病性測試體系、動物免疫功能測試體系等毒理安全測試項目。鼠害防除主要工作項目包括：野鼠生物特性與族群生態研究、毒餌配方製劑研發、野鼠防除技術與防除效果評估等。

化學物質對溫血動物毒理之試驗研究

化學物質對遺傳毒性/致癌潛力之試驗研究

生物科技產物及微生物製劑對溫血動物毒理之試驗研究

鼠害防除技術研發與應用

　　植物保護學、農藥學、應用毒理學、環境毒理學、動物病理學、生物化學、實驗動物學、動物生態學

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