1. 依規定檢附完整新農藥登記試驗資料或原登記廠商授權使用文件二份，向「藥毒所」申辦資料審查。案件不分期隨時受理，文件不齊全不受理。 藥毒所每個月將進行上個月申請案件之審查，審查結果並於隔月的第一個星期進行綜合討論。 審查結果將函知申請人。需補充資料之案件，申請人應於發文日起三個月內補齊資料或提出說明，以進行下一階段之補件審查作業；逾期則自動銷案。 藥毒所審查通過之案件，申請人即可依通知函進行檢驗用原體樣品之進口或製造，並由「藥毒所」直接取樣，進行檢驗（依農藥管理法施行細則第廿七條，業者申請樣品輸入時，應於申請函註明「回函正本」送藥毒所）。國內自製產品，藥毒所可配合廠商之作業流程取樣，或至委託代製樣品地點取樣。
2. 檢驗合格之案件，藥毒所將函知廠商繳交農藥登記所需之相關文件（必要時得提送每三個月召開一次之「農藥技術諮議委員會毒理組」會議，進行審查）；彙齊後連同檢驗報告將一併函送農委會綜合審查（副知廠商），以核發「農藥許可證」。

已核准登記屆滿八年農藥原體

1. 依規定檢附資料或原登記廠商授權使用文件二份，向「藥毒所」申辦資料審查。案件不分期隨時受理，文件不齊全不受理。 藥毒所每個月將進行上個月申請案件之審查，審查結果並於隔月的第一個星期進行綜合討論。 審查結果將函知申請人，需補充資料之案件，申請人應於發文日起三個月內補齊資料或提出說明，以進行下一階段之補件審查作業；逾期則自動銷案。 物理性、化學性及品質管制資料經藥毒所審查通過之案件，廠商即可依通知函進行檢驗用原體樣品之進口或製造，並由「藥毒所」直接取樣，進行檢驗（依農藥管理法施行細則第廿七條，業者申請樣品輸入時，應於申請函註明「回函正本」送藥毒所）。國內自製產品，藥毒所可配合廠商之作業流程取樣，或至委託代製樣品地點取樣。
2. 檢驗合格之案件，藥毒所將函知廠商繳交農藥登記所需之相關文件（必要時得提送每三個月召開一次之「農藥技術諮議委員會毒理組」會議，進行審查）；彙齊後連同檢驗報告將一併函送農委會綜合審查（副知廠商），以核發「農藥許可證」。
   
   

1. 依規定檢附農藥登記試驗資料或已登記廠商授權使用文件二份，向「藥毒所」申辦資料審查。案件不分期隨時受理，文件不齊全不受理。 藥毒所每個月將進行上個月申請案件之審查，審查結果並於隔月的第一個星期進行綜合討論。 審查結果將函知申請人，需補充資料之案件，申請人應於發文日起三個月內補齊資料或提出說明，以進行下一階段之補件審查作業；逾期則自動銷案。 藥毒所審查通過之案件，將連同建議之普通名稱草案一併提送每三個月召開一次之「農藥技術諮議委員會毒理組」會議進行審查。 田間試驗資料經田間試驗小組擬定試驗規範後，提送「農藥技術諮議委員會應用技術組」審查。 毒理組及應用技術組審查通過之案件，除通知申請人外，將併同田間試驗資料提送每年召開二次之「農藥技術諮議委員會」，進行登記許可之審議。
2. 諮議會審查通過之案件，藥毒所將函知廠商繳交農藥登記所需之相關文件；彙齊後連同檢驗報告將一併函送農委會綜合審查（副知廠商），以核發「農藥許可證」。
   
   

1. 依規定檢附資料二份，向「藥毒所」申辦資料審查。案件不分期隨時受理，文件不齊全不受理。 藥毒所每個月將進行上個月申請案件之審查，審查結果並於隔月的第一個星期進行綜合討論。 審查結果將函知申請人，需補充資料之案件，申請人應於發文日起三個月內補齊資料或提出說明，以進行下一階段之補件審查作業；逾期則自動銷案。 物理性、化學性及品質管制資料經初審通過之案件，廠商即可依通知函進行檢驗用農藥樣品之進口或製造，並由「藥毒所」直接取樣，進行檢驗。（依農藥管理法施行細則第廿七條，業者申請樣品輸入時，應於申請函註明「回函正本」送藥毒所）。國內自製產品，藥毒所可配合廠商之作業流程取樣，或至委託代製樣品地點取樣。
2. 檢驗合格之案件，藥毒所將函知廠商繳交農藥登記所需之相關文件（必要時得提送每三個月召開一次之「農藥技術諮議委員會毒理組」會議，進行審查）；彙齊後連同檢驗報告將一併函送農委會綜合審查（副知廠商），以核發「農藥許可證」。
   
   

1. 進口成品農藥，若其原體尚未取得登記者，應檢送該原體相關資料審查；若原體為已登記且提供證明者，則原體僅需提供摘要資料。 混合劑以登記舊藥劑之混合為原則，並依舊成分新劑型規定提送資料；如含有未核准登記之有效成分，應先以單劑申請新農藥之審查，惟有特殊情況需以新有效成分混合者，應提供資料以個案提出討論與審核。 天然素材， 應先提供物理性、化學性資料及品質管制等相關資料，並 以個案 提審 。藥毒所依其所附資料研判該藥劑 是否可免附部分毒理 資料項目，並提「農藥技術諮議委員會毒理組」討論，再依委員會之決議通知申請人檢送相關資料，並進入前項資料審查流程。 一般化學製劑依「一般農藥資料要件」提送資料。 農用微生物製劑依 「微生物農藥資料要件」提送資料。 農用生化製劑依 「生化製劑資料要件」提送資料。 極劇毒 農藥不受理申請 。
2. 申請成品製造許可證者，其原體需為國內已取得登記者。